Sektori për Mbrojtje të Mjedisit është në kuadër të Drejtorisë për Planifikim Urban dhe Mbrojtje të Mjedisit. Sektori për mbrojtje të Mjedisit monitoron zhvillimin dhe zbatimin e dokumentacionit në fushën e mbrojtjes së mjedisit në trajtimin e menaxhimin e mbeturinave, ruajtjen e cilësisë së ajrit, mbrojtje nga zhurma, mbrojtjen e natyrës etj. Aktivitetet profesionale për mbrojtjen e mjedisit në veçanti përfshijnë grumbullimin, regjistrimin, vlerësimin e të dhëna për natyrën dhe mjedisin, si dhe bashkëpunimi me organet kompetente qeveritare, qeveritë rajonale dhe lokale, institucionet dhe organizatat që kanë të bëjnë me promovimin dhe mbrojtjen e mjedisit dhe natyrës. Merr pjesë në përgatitjen e dokumenteve të planifikimit hapësinor në segmentin në lidhje me natyrën dhe mjedisin. Në mënyrë që të krijojë një sistemi monitorues dhe informacionit. Aktet që lëshohen nga ky sektor janë lejet mjedisore komunale.
